هر چند که در احادیث موجود در خصوص استخاره از ناحیه معصومین علیهم السلام به حکمت استخاره تصریحی نشده است؛ ولی با مطالعه و ملاحظه احوال کلّی این دسته از روایات و تأمّل در سیاق آنها چنین به دست می‌آید که حکمتهای مهمی در تشریع این سنّت حسنه دخالت دارند و ما در این بخش به تبیین موارد مهمّ آنها می‌پردازیم:
1. تقویت روحیه حضور و ارتباط قلبی با خالق هستی
شکّی نیست که مسأله حضور و تقویت آن در وجود انسان، یکی از مباحث مهمّ سلوکی و عرفانی است که در روایات زیادی به آن توصیه شده است. به این معنا که شخص مؤمن سالک، بایستی تا می‌تواند یاد پروردگار خود را در اعماق دل جای دهد و همیشه خود را در محضر پروردگار ببیند و در واقع، به این باور و یقین برسد که تمام عالم محضر اوست و هیچ امر کوچکی از سیطره حکومت و تسلّط پروردگار خارج نیست و هر چه هست از اوست و اوست که مالک حقیقی آسمانها و زمین و هر آنچه در آنهاست می‌باشد.
با تأمّلی کوتاه در مقوله استخاره، برای مخاطب روشن خواهد شد که تمسّک به سنّت حسنه استخاره، در تقویت و بارور نمودن روحیه حضور و تضعیف روح غفلت از قدرت لا یزال الهی در اعماق جان استخاره‌کننده تأثیر به سزایی دارد.
2. بهره‌گیری از ادعیه
بسیاری از روشهایی که برای استخاره ذکر گردیده، توأم با ذکرها و توسّلات پرمغز و پرمحتوایی هستند که اگر استخاره‌کننده متوجه معانی آنها گردد، بهره معرفتی و ارتباطی ویژه‌ای در این زمینه خواهد برد
.
3. تقویت روحیه توکّل، تفویض و ایمان
وقتی استخاره‌گر در جهت انجام امر مهمی (البته با رعایت شرایط و اصول آن) به سمت استخاره رو می‌آورد، پر واضح است که او در پی یک جوشش باطنی و ایمان قلبی به حکمت و قدرت لا یزال الهی، خود را در برابر اراده و مشیّت پروردگار متعال عاجز می‌بیند و متواضعانه سر تسلیم فرود می‌آورد و با تمسّک به یکی از راه‌های استخاره، از مصلحت و خیرخواهی حضرت متعال در خصوص تصمیم خود بهره‌مند می‌گردد و سپس در مقابل جواب استخاره تسلیم می‌شود و در نهایت، عاقبت امر خود را به خداوند تفویض می‌نماید و به او توکّل می‌کند، هر چند که او از تلاش و کوشش خود نیز دست برنمی‌دارد؛ ولی با توکّلی بیش‌تر و ارتباطی تنگاتنگ‌تر با خالق خود، توأم با روحیّه رضا، در مسیر تصمیم خود گام برمی‌دارد.
4. تضعیف استبداد رأی
گاهی اوقات انسانها به خاطر ضعف قدرت در مهار نفس و کمبود روحیه ایمان ـ حدّاقل در برخی از کارها ـ فریب نفس و شیطان را خورده و از استبداد رأی خاصّی برخوردار می‌شوند و فکر می‌کنند تنها آنچه آنها می‌گویند درست است و هر کس که با اندیشه آنها مخالفت کند، ناحق است و هیچ احتمال خطا و اشتباهی به خود راه نمی‌دهند و لجوجانه از تصمیم خود دفاع می‌کنند، بدون آنکه در مورد مخالفان خود یا سخن آنها اندک تأمّلی روا دارند.
یکی از راه‌هایی که در چنین مواقعی می‌تواند مؤمن را از استبداد رأی پایین بیاورد، تمسّک به این سنّت حسنه است. در چنین مواقعی مؤمن پس از تفکّر و تأمّل زیاد و شنیدن سخنان مخالفان، اگر نتواند از نظریّه خود دفاع منطقی لازم را بنماید و یا دلایل کافی برای ردّ مخالفان خود ارائه دهد، دست به استخاره می‌زند و با شنیدن جواب حکمت‌آمیز حاصل از استخاره، نفس خود را آرام می‌سازد و متواضعانه حقیقت را می‌پذیرد.
مرحوم علامه مجلسی در کتاب شریف «بحار الانوار» پس از نقل بسیاری از روایات مربوط به استخاره، در راستای این چند حکمت که تا اینجا ذکر شد، چنین می‌فرماید: استخاره این است که انسان در رأی خود مستبد نباشد و تنها به رأی و اندیشه خود تکیه نکند؛ بلکه به خداوند متعال توسّل نموده، در تمام امور خود به او توکّل کند و به جهل و نادانی خود نسبت به مصالح خود اقرار نماید و تمام این امور را به خداوند تفویض کند و از او بخواهد تا هر چه که خیر و صلاح دنیا و آخرتش در آن است برای او پیش آورد، همان‌گونه که عبد نادان و عاجز با مولای عالم و قادر خودش این کار را می‌کند. پس عمل خویش را با یکی از روشهایی که در استخاره گذشت، چه با نماز و چه بدون آن؛ بلکه تا آنجا که ممکن است با دعا و نیایش توأم سازد و سپس کاری را که میخواهد، انجام دهد و به هر چه که در ازای کارش از منفعت و ضرر به او می‌رسد، راضی گردد
.
5. قاعده لطف و هدایت پروردگار
یکی از مهم‌ترین حکمتهای این سنّت حسنه «قاعده لطف» پروردگار است که مطابق آن، بندگان مؤمن خود را به سمت خیر و صلاح رهنمون می‌شود.
هر چند عنصر عقل در انسان از جایگاه بسیار ویژه‌ای برخوردار می‌باشد، و در واقع وجه تمایز انسان با سایر مخلوقات الهی به حساب آمده است؛ ولی هر انسانی در برخی از موارد، در مقام انجام فعلی و یا ترک آن، و یا در انتخاب یکی از دو عمل معیّن، آن چنان در مقام تردید و شک دست و پا می‌زند که عقل نمی‌تواند او را از این تردید بیرون بیاورد. در اینجاست که شریعت مقدّسه اسلامی، سنّتی به نام استخاره پایه‌ریزی نموده است تا بنده مؤمن با تمسّک به آن، از این تردید بیرون آمده و لطف و فضل الهی به یاری او برسد و او را به سمت تصمیمی که خیر و صلاح دنیوی و آخرتی دارد، رهنمون سازد و از تصمیماتی که به صلاح او نیست، مصون بماند؛ چرا که خداوند متعال به خیر و صلاح بندگان خود از هر کسی داناتر بوده، خیرخواهی آن مُنصح یکتا برای بندگان خود ثابت شده است.
6. آرامش قلبی مؤمن
پر واضح است در شرایطی که برای مؤمن حالت تردید و دودلی روی می‌دهد، یکی از اموری که ضمن رهنمون کردن او به سمت خیر و صلاح، او را از عالم تردید و اضطراب بیرون می‌آورد و آرامشی خاص به ذهن و قلب او می‌بخشد، و او را نسبت به آنچه که تقدیر الهی است راضی می‌گرداند، سنّت استخاره است.